Chương trình đào tạo bậc Thạc sĩ tại Khoa Môi trường, Trường ĐHKHTN gồm các chuyên ngành Khoa học Môi trường, Kỹ thuật Môi trường, Môi trường và phát triển bền vững (định hướng ứng dụng).
Cụ thể các chương trình học như sau:
4. ThS. Môi trường và phát triển bền vững (Định hướng nghiên cứu)